Bóng đá tại Pau bắt đầu từ năm 1920, với sự thành lập của Bleuets Notre-Dame de Pau, đến ba năm sau bắt đầu đi vào hoạt động. Khi đó chỉ mới là đội bóng nghiệp dư, trong thời điểm mà cấp độ chuyên nghiệp chỉ giới hạn trong hai giải (đến thời điểm hiện tại vẫn vậy).

Năm 1959, đội bóng chuyên nghiệp đầu tiên chính thức ra đời. Với tên gọi là Football Clud de Pau.

Năm 1998, Pau vào đến vòng 1/8 của Cúp quốc gia Pháp, khi đó họ thua trước nhà vô địch cùng mùa là Paris Saint-Germain trong hiệp phụ. Cũng trong năm đó, họ lên chơi ở cấp độ chuyên nghiệp của giải quốc gia sau khi đăng quang ở giải Nghiệp dư. Họ có 10 mùa bóng ở cấp độ cao cho đến khi xuống hạng tận giải hạng Tư vì về đích ở vị trí thứ 18.

Mãi đến 2016, Pau mới trở lại với giải hạng ba, sau khi về địch với danh hiệu vô địch, bỏ xa đội về nhì Colomiers đến 10 điểm.

Dưới thời huấn luyện viên Bruno Irles, Pau FC thăng hạng lên Ligue 2 sau khi vô địch Championnat National 2020, hơn đúng một điểm so với Dunkerque ở mùa bóng vốn phải chấm dứt sớm do Đại dịch.

Trong mùa bóng ra mắt ở giải hạng Nhì, Pau có chuỗi trận bất bại lên đến con số chín ở cuối mùa, giúp họ chốt suất trụ hạng ở vị trí thứ 14 của mùa 2020/21, khi đó Didier Tholot thế chỗ Irles giữa mùa.

Mùa bóng tiếp theo họ tiếp tục trụ hạng thành công với vị trí thứ 10, an toàn ở giữa bảng xếp hạng.